Kata orang, memilih nama memang selalu merepotkan. Mirip mencarikan nama buat bayi karena nama bayi sering dimaksudkan untuk mencerminkan watak yang diharapkan bila kelak ia besar. Memilih nama suatu lembaga,apalagi lembaga Pendidikan bahkan lebih rumit dan sulit lagi. Karena lembaga pendidikan harus mengisyaratkan suatu konsepsi dan misi yang harus diemban. Mengapa SMA Katolik Giovanni?. Nama Giovanni dipilih bukan pertimbangan mudah dan enak di laval atau untuk mencapai efek yang lain. Konsepsi dasar pemilihan nama Giovanni sepenuhnya berdasarkan cita-cita, kebutuhan masyarakat, kebutuhan akan adanya lembaga secara umum dengan misi mencerdaskan kehidupan bangsa. Asas pendidikan Giovanni yang diterapkan bukanlah asas pendidikan yang berpihak pada suatu golongan tertentu yang berazaskan agama tetapi merupakan lembaga yang mengembangkan investasi kecerdasan dan komunikasi ilmu pengetahuan secara adil dan merata.

SMA Katolik Giovanni didirikan oleh Pater Adrianus Conterius,SVD pada tahun 1992. Nama Giovanni diambil dari nama Paus Paulus VI yaitu Kardinal Giovanni Montini. Paus yang diangkat pada tahun 1962. Nama Kardinal Montini langsung diambil menjadi nama pelindung SMA Katolik Giovanni. Sedangkan penyelenggara sekolah adalah Yayasan Persekolahan Keuskupan Atambua dengan Kepala Sekolahnya Pater Adrianus Conterius,SVD dari tahun 1962-1967. Pater Adrianus Conterius adalah Kepala Sekolah yang pertama.

Tahun 1967 Pater Adrianus Conterius,SVD dialih-tugaskan ke Atambua bertepatan dengan terbentuknya Dioses Kupang. Dengan dialih-tugaskannya Pater Adrianus Conterius,SVD,maka jabatan Kepala SMA Katolik Giovanni dijabat oleh Pater Blasius Fernandes,SVD. Pater Blasius Fernandes, SVD menjabat Kepala sekolah sejak tahun 1962-1972. Dan sejak saat itu Yayasan Penyelenggara SMA Katolik Giovanni diserahkan Yayasan Swastisari cabang Kupang yang pada periode itu dipimpin oleh Sr. Antari Marsuwi, CB MSc.Dalam berkarya selanjutnya pada tahun 1972, Pater Blasius Fernandes,SVD bertugas ke Eropa maka Kepala Sekolah SMA Katolik Giovanni dijabat oleh Pater Andreas Matutina,SVD . Pater Andreas Matutina,SVD menjabat kepala sekolah dari tahun 1972-1973. Dan pada saat itu jabatan Kepala sekolah dijabat oleh Bapak Marselinus Celly (awam) sampai memasuki masa pensiunnya pada tahun 1986. Oleh karena itu Bapak Marselinus Celly memimpin SMA Katolik Giovanni sejak tahun 1974-1986. Bapak Marcelinus Celly adalah seorang awam Katolik dan untuk pertama kalinya seorang awam Katolik memimpin SMA Katolik Giovanni Kupang yang adalah milik Keuskupan Agung Kupang sampai dengan masa pensiunnya.

Dengan pensiunnya Bapak Marselinus Celly tahun 1986,maka Kepala SMA Katolik Giovanni Kupang mengalami pergantian. Maka Yayasan Swastisari memilih dan mengangkat Frater Drs. M. Sarto,BHK dari Biara Frateran Bunda Hati Kudus untuk memimpin SMA Katolik Giovanni Kupang. Masa kepemimpinan Frater Sarto sejak tahun 1986 sampai dengan Januari 2001. Frater Sarto cukup lama memimpin SMA Katolik Giovanni dengan kondisi Yayasan yang masih jatuh bangun,ada banyak kesulitan dan persoalan yang dihadapi tetapi ada pula prestasi dan kemajuan yang diraih. SMAK Giovanni dari saat ke saat terus berusaha dan berjuang agar tidak kalah dan ketinggalan dengan sekolah-sekolah terbaik di Kota Kupang dan di Propinsi NTT pada umumnya, seturut Hymne Giovanni bahwa Putera-Puteri Giovanni harus terus kibarkan panji sakti dan songsonglah fajar zaman dengan jiwa ksatria. Namun dalam perjalanan pengabdian dan pelayanan Frater Drs M. Sarto,BHK dipilihvdan diangkat menjadi Provinsial Biara Frater Bunda Hati Kudus (BHK) untuk Indonesia dengan bertempat tinggal di Malang. Dan dengan itu, pada bulan Januari 2001 Frater Sarto mengakiri tugasnya sebagai Kepala Sekolah. Dan pada saat itu, pihak Yayasan di bawa Kepemimpinan Sr. Lucie Sumarni,CB mengajukan permohonan Kepada Yang Mulia Bapak Uskup Agung Kupang guna mencari seorang pengganti Frater Sarto sebagai Kepala Sekolah. Maka Bapak Uskup Agung Kupang telah memilih dan menentukan Romo Stefanus Mau,Pr sebagai Kepala SMA Katolik Giovanni Kupang pada bulan Pebruari 2001. Sejak Pebruari 2001 SMA Katolik Giovanni Kupang Kepala Sekolah di jabat oleh seorang Imam Keuskupan Agung Kupang hingga tahun 2011 ini ,yang mana pada tahun 2012,SMA Katolik Giovanni Kupang berusia 50 tahun. Dan warga SMA Katolik Giovanni dan para alumninya akan merayakan pesta Emasnya pada tanggal 8 September 2012.

SMA Katolik Giovanni dari saat ke saat terus mengalami perubahan dan perkembangan baik dari segi fisik,jumlah siswa maupun mutu sekolah dibawa kendali Kepala Sekolah Romo Drs Stefanus Mau,Pr dan Wakil Kepala Sekolah Bapak Martinus Ora Adja,Sp.d. Dipl.Sc.Ed serta Staf Guru dan Pegawai. Dari segi fisik mulai tahun 2002 dibangunlah Gedung 2 lantai untuk kebutuhan kantor dan lab TIK dan seterusnya dibangunlah ruang-ruang kelas berlantai 3,tentunya hal ini sangat didukung oleh pihak Yayasan yang saat itu dipimpin oleh Sr. Lucie Sumarni,CB. SMAK Giovanni mesti terus berjuang guna memenuhi kebutuhan sarana prasarana tanpa melupakan peningkatan mutu,akses dan daya saing untuk terus membangun. Dalam perjalanan pembenahan diri, Yayasan juga mengalami pergantian Pimpinan yaitu dari Sr.Lucie Sumarni,CB berpindah tampuk Kepemimpinan kepada Romo Daniel Afoan,Pr,ternyata beliau juga sangat komit dengan Pendidikan dan teristimewa melanjutkan proses pembangunan di SMA Katolik Giovanni. Dalam rangka menyambut Pesta Emas Giovanni tahun 2012, Sekolah bersama Yayasan berupaya untuk memenuhi sarana prasarana seperti ruang kelas,ruang-ruang lab, ruang Guru dan Aula karena memang masih sangat kekurangan sarana prasarana,apalagi sebagai Sekolah Model,Sekolah Standar Nasional sarana Prasarana mestinya terpenuhi sesuai tuntutan Standar Nasional Pendidikan (SNP).

Perkembangan terakir SMA Katolik Giovanni hinggah tahun 2011: Jumlah kelas sebanyak 30 rombongan belajar yang terdiri dari kelas regular dan Akselerasi. Jumlah siswa dari kelas X, XI dan XII sebanyak 938 siswa. Jumlah Staf Guru tetap PNS dan Yayasan sebanyak 52 orang, Guru kontrak Yayasan sebanyak 11 orang. Tenaga Kependidikan (Pegawai) sebanyak 20 orang. Sampai dengan tahun 2011 SMA Katolik Giovanni sudah menamatkan 46 angkatan.

Inilah sekelumit catatan perjalanan SMA Katolik Giovanni dari awal sampai sekarang. SMA Katolik dari waktu ke waktu telah menunjukkan jati dirinya yang tahan uji dalam meraih sukses,tidak terlepas dari visi,misi,tujuan pendidikan dari SMA Katolik Giovanni. Dan yang paling penting adalah pendiri sekolah ini juga meninggalkan motto sekolah sebagai satu warisan yang tak ternilai harganya dan motto tersebut adalah: Cinta, Pelayanan dan Ketaatan (Love,Service, Obedience). Motto ini yang harus dihidupkan dan diejawantakan dalam proses pendidikan di SMA Katolik Giovanni Kupang oleh seluruh warga sekolah. Demikian sejarah perjalanan SMA Katolik Giovanni Kupang sampai saat ini. Dan kepada seluruh warga SMA Katolik Giovanni: Kobarkan dan kibarkan panji saktimu dan songsonglah fajar zaman dengan jiwa ksatria,bangkitkan semangat juangmu dan raih masa depanmu dengan sukses dan gemilang. Maju terus dan terus maju bersama Giovanni. Hidup Giovanni,majulah pantang mundur.